Spijkerboor ligt aan een kruising van verschillende waterwegen: de Knollendammervaart, de Beemsterringvaart en het Noordhollandsch Kanaal. Ook komen bij het dorpje vier polders samen: Kamerhop, Beemster, Starnmeer en Wormer.
Vanuit de richting van de dorpen Oost-Graftdijk en De Rijp is Spijkerboor bereikbaar met een pontje, dat hier voor voetgangers en fietsers een verbinding biedt over het Noordhollandsch Kanaal. Bij deze pont vindt men het rijksmonument 't Heerenhuis, dat in het verleden dienstdeed als polderhuis en veerhuis. Het huidige pand stamt uit 1787.