De parochie werd tot 1970 gerekend onder Sokkelund Herred. In dat jaar werd de parochie opgenomen in de gemeente Frederiksberg.
Sankt Thomas werd in 1898 als zelfstandige parochie gesticht als afsplitsing van de parochie Frederiksberg. De parochiekerk dateert uit het zelfde jaar.
Binnen de parochie staat ook De Døves Kirke, een kerk gebouwd in 1904 en speciaal bestemd voor doven. De diensten in de kerk zijn deels in de Deensegebarentaal.