De club stond onder leiding van Adrie Koster, maar hij werd op 27 november ontslagen, twee dagen na de 3-1 nederlaag tegen streekgenoot Willem II. Ook clubman en oud-doelman Ton Verkerk, sinds jaren in dienst als assistent-trainer bij de Brabantse club, moest het veld ruimen. Door de winst van ADO Den Haag op FC Groningen zakte de ploeg naar de achttiende plaats van de ranglijst. In afwachting van het aanstellen van een nieuwe trainer werden de taken van Koster waargenomen door Adrie Bogers, die Jong RKC Waalwijk onder zijn hoede had. Verkerk kwam in het seizoen 1995/1996 in dienst bij RKC en was assistent van Leo van Veen, Cees van Kooten, Bert Jacobs, Peter Boeve, Martin Jol, Erwin Koeman en Koster[1].
Koster werd uiteindelijk opgevolgd door Mark Wotte. Hij kwam over van de Egyptische club Ismaily SC. Hij had een clausule in zijn contract, waardoor hij voor een lage afkoopsom naar een Nederlandse club kon vertrekken. Wotte was eerder onder meer trainer van ADO Den Haag, FC Utrecht, FC Den Bosch en Willem II. Tevens was hij technisch-directeur bij Feyenoord.
In de winterstop keerde Benjamin de Ceulaer terug naar RKC. De Waalwijkers namen de Belgische aanvaller per direct over van Feyenoord. De Ceulaer ondertekende een contract voor 3,5 jaar. In het seizoen 2005-2006 kwam De Ceulaer op huurbasis ook al uit voor RKC. In 25 competitiewedstrijden scoorde hij zeven keer. Een kuitbeenbreuk hield hem sinds maart 2006 aan de kant.
Onder leiding van Wotte eindigde RKC Waalwijk op de zeventiende en voorlaatste plaats in de eindrangschikking. In de nacompetitie ging de ploeg uit Noord-Brabant vervolgens ten onder tegen VVV-Venlo, waardoor degradatie een feit was. In het bekertoernooi strandde de club pas in de halve finales, waarin AFC Ajax met 3-1 te sterk was.
Bijgaand een overzicht van de spelers die RKC Waalwijk vertegenwoordigden in de Eredivisie in het seizoen 2006/07 en onder leiding van trainer-coach Mark Wotte als zeventiende en voorlaatste eindigden.
Bijgaand een overzicht van de spelers die RKC Waalwijk vertegenwoordigden in de nacompetitie en onder leiding van trainer-coach Mark Wotte degradeerden naar de Jupiler League.