Peter Mikkelsen (Kopenhagen, 1 mei 1960 – 30 januari 2019) was een voetbalscheidsrechter uit Denemarken. Hij was actief op twee WK-eindronden (1990 en 1994) en twee EK-eindronden (1992 en 1996). Mikkelsen floot op het hoogste internationale niveau van 1988 tot 1998.
Hij floot onder andere het Nederlands elftal. Tijdens het WK 1994 floot hij op 4 juli 1994 in Orlando de achtste finale tegen Ierland. Hij gaf aanvoerder Ronald Koeman geel.