De Parelloop 1999 vond plaats op zondag 11 april 1999 in het Limburgse Brunssum. Het was de elfde editie van dit evenement. Deze editie werd gesponsord door Liptonice.

De wedstrijd bij de mannen werd gewonnen door de Keniaan Paul Koech in 27.44. Hij had hiermee slechts een seconde voorsprong op zijn landgenoot Tom Nyariki. Bij de vrouwen streek de Keniaanse Tegla Loroupe met de hoogste eer. Zij won de wedstrijd in 31.55. De snelste Nederlandse was Wilma van Onna met 33.03 en een vierde plaats. Dit evenement was tevens het toneel van het officieus Nederlandse kampioenschap over 10 km.

Mannen

rang	naam	land	tijd
1	Paul Koech	KEN	27.44
2	Tom Nyariki	KEN	27.45
3	Evans Rutto	KEN	28.36
4	Greg van Hest	NED	29.00
5	Marco Gielen	NED	29.03
6	Remco Kortenoeven	NED	29.46
7	Peter van der Velden	NED	29.50
8	Marcel Versteeg	NED	30.02
9	Martin Block	GER	30.06
10	Fransua Woldemariam	NED	30.07

Vrouwen

rang	naam	land	tijd
1	Tegla Loroupe	KEN	31.55
2	Susan Chepkemei	KEN	32.03
3	Magdaline Chemjor	KEN	32.47
4	Wilma van Onna	NED	33.03
5	Martha Komu	KEN	34.16
6	Sandra Hofmans	NED	34.19
7	Silvia Kruijer	NED	34.49
8	Inge van Bergen	NED	35.06
9	Miranda Boonstra	NED	36.10
10	Suzanne Wiertsema	NED	37.55