Van 1406 tot 1490 werd Opper-Oostenrijk geregeerd door zelfstandige (aarts-)hertogen, totdat het gebied onder Maximiliaan I weer met de andere Oostenrijkse landen verenigd werd. In 1564 werden de Habsburgse landen opnieuw verdeeld en werd Opper-Oostenrijk weer afzonderlijk van de Habsburgse monarchie bestuurd. De laatste aartshertog, Sigismund Frans stierf in 1664 zonder erfgenamen, waarna zijn gebieden blijvend in de monarchie opgenomen werden.