Een mogelijkheid om op het internet (via WFC) spullen te kopen onder de noemer DSiWare (vergelijkbaar met WiiWare) met Nintendo Points (een nieuwe naam voor Wii Points)
Ondersteuning voor WEP, WPA (Wi-Fi Protected Access) of WPA2 als beveiliging bij draadloze netwerken. (WPA en WPA2 kunnen alleen gebruikt worden bij DSi-software, de spellen die voor alle drie de DS-soorten zijn ondersteunen dit niet.)
Kortere batterijduur, 14 uur met de DSi in plaats van 19 uur met de DS Lite
Een ingebouwd spel: Flipnote Studio (exclusief voor DSi), een tekenprogramma waarmee eigen tekenfilmpjes gemaakt kan worden.
Huidige flashkaarten zijn niet meer bruikbaar met firmware 1.4. De kaartjes die voorheen werkten met de Nintendo DSi, werken met firmware versie 1.4 niet meer. Er schijnen nog kaarten te zijn die zeggen dat ze nog werken.[2][3]
De hoofdprocessor is 33 MHz sneller, namelijk 133 MHz.
GameBoyAdvance-slot
De twee eerdere versies van de Nintendo DS bevatten een GBA-slot. In deze derde versie van de Nintendo DS is dit slot weggelaten. Het is hierdoor niet mogelijk om spellen te spelen die het GBA-slot vereisen. Het gaat hierbij bijvoorbeeld om Guitar Hero: On Tour. PokémonRuby, Sapphire en Emerald, de Pokémon-spellen kunnen gewoon gespeeld worden zonder GBA-slot, maar het ontbreken van het GBA-slot beperkt wel de Pokémon die de speler kan krijgen in deze drie spellen.
Guitar Hero spelen is niet mogelijk op de DSi, Band Hero overigens wel (drums worden bestuurd met de pijltjes omhoog, omlaag, en de X en A knoppen, voor zingen is alleen de microfoon nodig).
Nintendo DSi XL
Zie Nintendo DSi XL voor het hoofdartikel over dit onderwerp.