Naughty Dog werd gesticht in 1984 onder de naam "JAM Software". Andy Gavin en Jason Rubin, die toen 16 jaar oud waren, hadden hun eerste spel gepubliceerd: Ski Crazed voor de 8-bitApple II. In 1989 ontwikkelden ze het spel Keef the Thief voor de Apple IIgs en veranderden hun naam naar Naughty Dog.
In het begin van de jaren 90 begon Naughty Dog met het schrijven van software voor spelcomputers, waaronder de Mega Drive en de 3DO. In diezelfde periode stapten ze over naar de PlayStation 2, waar het bedrijf bekend werd met hun spellen.