In 2005 kreeg Estemirova de Robert Schuman-medaille op voorspraak van de fractie van de Europese Volkspartij.[2] Voor haar inzet voor de mensenrechten kreeg zij in 2007 de Politkovskaja-prijs, die aan haar werd toegekend door het Nobel Women’s Initiative en is genoemd naar de journaliste met wie zij had samengewerkt.
Natalja Estemirova werd op 15 juli 2009 voor haar woning in de Tsjetsjeense hoofdstad Grozny ontvoerd en dezelfde dag in een bos nabij het dorp Gazi Joert in de rajonNazran van de buurrepubliek Ingoesjetië met twee kogelwonden, een in het hoofd en een in de borst, dood teruggevonden.[3][4]