Het museum werd op 17 maart 1940 ingehuldigd als onderdeel van de onthulling van het openbaar centrum van Bariloche, een centrum dat gebouwd werd in opdracht van de regering om de toen nog afgelegen skistad te bevorderen. Het is genoemd ter ere van Francisco Moreno, een vooraanstaande Argentijnse geleerde en ontdekkingsreiziger. In 1992 werd het gebouw uitgebreid en gemoderniseerd tijdens een restauratie.
Het museum werd, net als de bijhorende openbare bibliotheek Domingo Sarmiento en het gemeentehuis, ontworpen door Ernesto de Estrada. Het gebouw bestaat uit gepolijste groen tufsteen, cipressen- en fitzroyahout en leisteen voor het dak. In het centrum van de gebouwen bevindt zich een plein bestaande uit stapstenen.
Collecties
De collecties van het museum worden verdeeld in de volgende categorieën:
Natuurwetenschappen: fossielen en geologische vondsten
Prehistorie: informatieve diorama's en stratigrafische voorstellingen, daarnaast ook overblijfselen van plaatselijke culturen uit de steentijd
Inheemse geschiedenis: tentoonstellingen over de culturen van de Mapuche, Selknam, Tehuelche en Yámana, inclusief astronomische werktuigen
De verovering van de woestijn: een tentoonstelling over de werktuigen, wapens en methodes die door de Argentijnse regeringen van Juan Manuel de Rosas tot Julio Roca werden gebruikt tijdens de 19de eeuw om de inheemsen te verdrijven en die die gebruikt werden door de inheemse caciques in hun tegenoffensief
San Carlos de Bariloche: de geschiedenis van de stad Bariloche, sinds de stichting in 1885
Nationale parken: documenten, diagrammen en kaarten die betrekking hebben tot de ontwikkeling van de nationale parken in Argentinië
Francisco Moreno: een uitstelling ter ere van de naamgenoot van het museum
Elk van deze categorieën heeft zijn eigen zalen. Daarnaast beschikt het museum ook over zalen voor tijdelijke tentoonstellingen, een auditorium, een bibliotheek, een archief en faciliteiten voor de conservatoren en onderzoekers. Ook is er een klaslokaal en workshop voor scholieren en studenten.