Met drie moorden op een avond wilde Booth chaos creëren en de regering in de noordelijke staten (de Unie) destabiliseren. Ondanks Lincolns dood mislukte Booths complot. Johnson bleef ongedeerd omdat Atzerodt de moed niet had om hem te benaderen, terwijl Seward zwaargewond raakte maar herstelde. Ook bleven de politieke en militaire gevolgen beperkt en werkte Booths daad eerder averechts: de moord en begrafenis leidden, althans in de Noordelijke staten, tot saamhorigheid en een golf van sympathie voor Abraham Lincoln.
Meteen na de aanslag organiseerde het leger een massale klopjacht. Powell werd op 17 april aangehouden en Atzerodt op de 20e. Booth was met een van zijn medeplichtigen, David Herold, naar Maryland gevlucht en later naar Virginia, waar ze tot 26 april hun achtervolgers wisten te ontlopen. Ingesloten in een brandende schuur gaf Herold zich over, maar Booth weigerde en werd doodgeschoten. Talloze verdachten werden aangehouden, maar slechts zeven mannen en één vrouw kwamen voor een militair tribunaal. Het proces begon op 9 mei en op 30 juni werden ze allemaal schuldig bevonden. Vier van hen kregen de doodstraf en werden op 7 juli opgehangen.