Al in de jaren 60 werden er voorstellen tot een zeereservaat gemaakt, onder andere met de steun van de Sierra Club en later ook van de betrokken county's. President Ronald Reagan hield het project in 1983 tegen, maar in 1988 herbekeek het Amerikaans Congres het concept. Zij stelden een zeereservaat in de Baai van Monterey voor. Uiteindelijk werd er gekozen voor een veel groter zeereservaat. Op 20 september 1992 volgde de wettelijke goedkeuring voor het Monterey Bay National Marine Sanctuary, Amerika's grootste federale zeereservaat. Het wetsvoorstel kwam van afgevaardigde Leon Panetta, de huidige minister van defensie, die zich als congreslid wel vaker met de bescherming van het mariene milieu bezighield.
In 2009 werd de Davidson Seamount, een grote submariene vulkaan met een rijk koraalecosysteem, aan het Monterey Bay National Marine Sanctuary toegevoegd.
