Volgens een conservatieve schatting van Alfred L. Kroeber leefden er in 1770 zeker 11.000 Miwok in Californië, uitgezonderd de Bay Miwok. Vanaf de late 18e eeuw kreeg het volk echter te lijden onder epidemieën van Europese oorsprong, een instroom van kolonisten en overplaatsing naar reservaten, waardoor het aantal sprekers van Miwoktalen in snel tempo afnam. Het feit dat in reservaten vaak volken met een totaal verschillende taal bij elkaar werden geplaatst versnelde het verdwijnen van deze talen, die tegenwoordig alle uitgestorven of bijna uitgestorven zijn.
De Zwitserse etnoloog Albert Samuel Gatschet veronderstelde al in 1877 dat de Miwoktalen en Ohlonetalen verwant waren en plaatste ze bij elkaar in een familie die hij Mutsun noemde. Deze verwantschap werd later bewezen door Catherine Callaghan, en Mutsun, tegenwoordig bekend onder de naam Utitalen, is algemeen aanvaard in de taalkundige wereld. In 1913 publiceerden Roland B. Dixon en Alfred L. Kroeber hun Penutische hypothese, waarin Miwok en Ohlone met Maidu, Wintu en Yokuts de Penutische taalfamilie vormden. Later werden ook andere talen aan de familie toegevoegd. Het bestaan van de verwantschap tussen de Penutische talen is niet bewezen.
Volgens David Frederickson ontstond Proto-Miwok tussen 1000 en 500 v.Chr. in het noorden van de San Francisco Bay Area, vanwaar het zich verspreidde naar het westen en zuiden.[1]