Het reactiemechanisme[2] van de mitsunobu-reactie is redelijk complex, en de exacte intermediaire producten en hun rollen zijn nog niet allemaal bekend. De gehele reactie vindt plaats in één beweging; alle reagentia worden tegelijk samengevoegd.
DEAD kan ook het alcohol deprotoneren (6), waarbij een alkoxide-ion gevormd wordt. Dit alkoxide-ion zal vervolgens de fosfinegroep aanvallen, waardoor het oxyfosfonium-ion 8 gevormd wordt. Het oxyfosfonium-ion wordt ten slotte aangevallen door het nucleofiel in een SN2-reactie, waardoor het eindproduct 12 gevormd wordt. De leaving group is hierbij trifenylfosfineoxide (13).
Stereochemie
Daar het (meestal secundair) alcohol netto door middel van een SN2-reactie gesubstitueerd wordt, ondergaat het een inversie van zijn chiraal centrum, als dit aanwezig is. Dit wordt algemeen als het sterkste punt van de mitsunobu-reactie beschouwd. Een alcohol kan onder normale omstandigheden niet door een zwak nucleofiel gesubstitueerd worden, doorgaans is zuur of hitte vereist, maar onder dergelijke omstandigheden wordt de stereochemie van een secundair alcohol meestal niet behouden omdat er (deels) een SN1-reactie plaatsvindt. Ook verliezen minder goede nucleofielen dan vaak hun nucleofiliciteit, omdat ze geprotoneerd worden.
Het is ook mogelijk de functionaliteit van de fosfine en DEAD te combineren in één reagens, zoals bijvoorbeeld (cyanomethyleen)trimethylfosforaan (CMMP) en (cyanomethyleen)tributylfosforaan (CMBP), die zeer effectief blijken. Op onderstaand voorbeeld wordt (cyanomethyleen)trialkylfosforaan gebruikt (R=willekeurige alkylgroep), met als bijproducten acetonitril (6) en een trialkylfosfineoxide (8).
↑Mitsunobu, O.; Yamada, Y. Bull. Chem. Soc. Japan1967, 40, 2380-2382.
↑Clayden, J., Greeves, N., Warren, S., Wothers, P. (2009). Organic Chemistry. Oxford University Press, Oxford, "Nucleophilic substitution at saturated carbon.", pp. 431-433. ISBN 978-0-19-850346-0.
↑Hegedus, L. S.; Holden, M. S.; McKearin, J. M. Organic Syntheses, Coll. Vol. 7, p.501 (1990); Vol. 62, p.48 (1984). (Artikel)