Van 16 mei1869 tot 10 augustus1869 was hij tijdelijk plaatsvervangend president. Hij verving zijn zwager Gabriel García Moreno die als voorzitter van de grondwetgevende commissie een nieuwe grondwet uitwerkte. Op 10 augustus 1869 hernam García Moreno zijn ambt als president.
Manuel de Ascásubi was aanvankelijk een liberaal politicus, maar werd in 1869 lid van García Moreno's Conservatieve Partij van Ecuador (PCE).