Het evenement wordt iedere keer op een andere locatie gehouden op grond van een aantal maatschappelijke, politieke en sociaal-geografische overwegingen. Manifesta komt tot stand in samenwerking met het speciaal hiervoor aangewezen adviesbureau International Foundation Manifesta en de steun van verschillende nationale overheden en kunstorganisaties. Het hoofdkantoor van de International Foundation Manifesta is gevestigd in Amsterdam.[1]
Manifesta begon als een Nederlands initiatief en werd voor het eerst georganiseerd in 1996 in Rotterdam. Hedwig Fijen en Jolie van Leeuwen fungeerden als curatoren. Het evenement kon beschikken over zestien verschillende musea en 36 openbare ruimtes. Een team van vijf curatoren uit Barcelona, Boedapest, Londen, Moskou en Parijs/Zürich koos 72 kunstenaars uit 30 Europese landen en vijf niet-Europese landen uit om hun werken te presenteren.
Het evenement sloeg aan en is sindsdien uitgegroeid tot een netwerk voor met name jonge kunstenaars in Europa. Tevens staat het bekend als een van de meest innovatieve tweejaarlijkse kunsttentoonstelling ter wereld. Manifesta blijft op afstand van invloedrijke kunstencentra en richt zich op gebieden die volop in ontwikkeling zijn.
In 2006 kon Manifesta niet doorgaan. Het evenement zou worden gehouden in Cyprus, maar werd afgeblazen.[2] Critici waren van mening dat Manifesta zich te veel bezighield met het verkrijgen van steun van grote bedrijven en de overheid, en niet genoeg met de belangen van de kunstenaars.[3][4][5][6]
Manifesta 10 vond plaats in het Staatsmuseum Hermitage in Sint-Petersburg, Rusland, met Kasper König als curator. Ter gelegenheid van het 250-jarig bestaan van het museum in 2014 gaf Manifesta de biënnale vorm in de nieuwe locatie binnen het Hermitagecomplex waar hedendaagse kunst wordt ondergebracht.
