De aristocraat had een grote buitenplaats bij Berlijn waar hij in een laboratorium een nucleair onderzoek deed, gefinancierd door de Duitse PTT. Hij werkte in de Tweede Wereldoorlog mee aan "Hitlers bom", de mislukte poging van Duitsland om bruikbare kernreactoren en inzetbare atoomwapens te bouwen.
In mei 1945 vervoerden de Sovjets Von Ardenne met enkele van zijn medewerkers, en apparatuur uit zijn laboratorium naar Soechoemi aan de Zwarte Zee. Gustav Hertz en Max Steenbeck werkten eveneens in Soechoemi. De Duitse wetenschappers kregen de opdracht om te werken aan de scheiding van uraniumisotopen, die nodig is voor de vervaardiging van een atoombom.
Na enige tijd een niet onbelangrijke rol in de Russische ontwikkeling van kernwapens te hebben gespeeld[1] ging von Ardenne in de Duitse Democratische Republiek wonen.[2] Hij behield zijn adellijke titel.
Manfred von Ardenne heeft een belangrijke rol gespeeld in de wetenschap en de industrie van de DDR. De geleerde werd nooit lid van de regerende SED[3] maar hij was jarenlang lid van het machteloze parlement. In 1989 deed hij nog een voorstel om de staat economisch te hervormen.