Magdalena was de vierde dochter van Ferdinand en Anna van Bohemen en Hongarije. Anna en Ferdinand hadden vijftien kinderen. Samen met haar zussen Margaretha en Helena besloot ze haar leven aan God te wijden en een gemeenschap voor vrome vrouwen te stichten. Na de dood van haar vader stichtte ze een koninklijk sticht in Hall in Tirol, waar zij met gelijkgestemde adellijke dames en vrouwen uit de hoge burgerij een teruggetrokken en vroom leven kon leiden. De bouw van het klooster startte in 1567 en Magdalena nam er haar intrek in 1569. Zij was de eerste abdis van de gemeenschap, voor de geestelijke leiding werd beroep gedaan op de jezuïeten. Magdalena overleed in Hall in 1590, het klooster bleef bestaan tot in 1783.