Rafinha begon in 1992 met voetballen voor een lokaal futsalteam, genaamd Grêmio Londrina, uit zijn woonplaats Londrina in deelstaat Paraná. In 1997 stapte hij over naar PSTC en in 2001 naar Londrina. Een jaar later werd Rafinha door Coritiba, de recordkampioen van de staat Paraná, overgenomen.
Zijn debuut op het hoogste niveau maakte Rafinha onder trainer Antônio Lopes, die hem vooral als rechtsback liet spelen. Hij maakte in 2005 in de finale van de Campeonato Paranaense het enige doelpunt thuis tegen aartsrivaal Atlético Paranaense. Een paar maanden later werd hij uitgenodigd voor de Braziliaanse selectie onder twintig, waarmee hij naar het WK 2005 onder 20 in Nederland ging.
In de Braziliaanse competitie en op het jeugd-WK, speelde Rafinha zich in de kijker bij Schalke 04. Hij verruilde in 2005 Coritiba voor Schalke 04 en verlengde daar in maart 2007 zijn contract tot de zomer van 2011.[1] In zijn eerste seizoen werd hij basisspeler en kwam hij na uitschakeling in de eerste ronde van de UEFA Champions League tot aan de halve finale van de UEFA Cup met zijn club. Hij speelde eenenveertig wedstrijden in zijn eerste seizoen, waarvan zeven in de UEFA Cup en vijf in de UEFA Champions League.
Na vijf seizoenen Schalke 04 liep Rafinha's contract bij de Duitse club nog een jaar door. Voor de competitie van 2010/11 begon, vertrok de Braziliaan niettemin naar Genoa, waar hij voor vier jaar tekende.[2]
In augustus 2020 vertrok Rafinha transfervrij voor twee seizoenen naar Olympiakos Piraeus.[4] Op 2 februari 2021 vertrok Rafinha bij Olympiakos Piraeus.[5]
In maart 2021 tekende Rafinha een contract bij Grêmio tot het einde van december 2021. Op 15 december 2021 werd bekendgemaakt dat het contract van Rafinha, door het in datzelfde seizoen naar de Série B gedegradeerde Grêmio, niet verlengd werd.[6]