Utarom is van origine een tijdens de Tweede Wereldoorlog door de Japansebezetter aangelegde landingsstrip voor militaire doeleinden. Na afloop van de oorlog werd besloten de locatie te behouden als luchthaven.
In 1962, gedurende de militaire confrontatie met Indonesië, speelde Utarom een belangrijke rol. Rond de luchthaven werden herhaaldelijk parachutisten afgeworpen door de AURI (Indonesische luchtmacht) om te trachten de luchthaven in handen te krijgen. Dit mislukte echter, omdat de Nederlandse mariniers en Koninklijke Landmacht deze aanvallen neutraliseerden.
In Juni 1962 werden er op Utarom 2 Hawker Hunterstraaljagers van de Koninklijke Luchtmacht gestationeerd die vanaf Utarom patrouilles vlogen. De strip was net lang genoeg voor deze toestellen om te starten en te landen.
Op 7 mei 2011 belandde binnenlandse passagiersvlucht 8968 van Merpati Nusantara Airlines van Sorong naar Kaimana bij het naderen van de luchthaven in zware regen. Bij het landen stortte het Xian MA60-vliegtuig in zee. Alle 21 passagiers en 4 bemanningsleden aan boord van het vliegtuig vonden de dood.[1][2]