Tijdens het interbellum was de LKP illegaal en opereerde de partij ondergronds. Als gevolg van het Molotov-Ribbentroppact (23 augustus 1939) tussen de Sovjet-Unie en nazi-Duitsland vielen de Baltische staten binnen de Sovjet-Russische invloedssfeer en drong StalinLitouwen een vriendschapsverdrag op dat vooral gunstig was voor de Sovjet-Unie (10 oktober 1939). Volgens het verdrag moesten er 20.000 Russische militairen in Litouwen worden gestationeerd[2] en moest de LKP gelegaliseerd worden. Omdat Litouwen een vriendschapsverdrag sloot met de Sovjet-Unie verkreeg het land ook de stad Vilnius, welke stad sinds 1921 door Polen bezet werd gehouden.[2]
Op 14 juni 1940 beschuldigde de USSR Litouwen ervan zich in het geheim te hebben aangesloten bij een Baltisch pact. Stalin stelde Litouwen een ultimatum waarin de USSR dwong nog meer Russische troepen in Litouwen toe te staan. Dit kwam neer op een bezetting van Litouwen door de Sovjet-Unie, maar de Litouwse regering stemde in met het ultimatum en op 15 juni 1940 werd Litouwen door het Rode Leger bezet.[3]Justas Paleckis, een communistische sympathisant, werd president en premier en na oneerlijke verkiezingen (14-15 juli 1940) "vroeg" het gekozen Volksparlement voor opname van de nieuw uitgeroepen Litouwse SSR (21 juli 1940) in de Unie van Socialistische Sovjetrepublieken (Sovjet-Unie). Op 3 augustus 1940 werd de Litouwse SSR formeel een sovjetrepubliek.
De LKP als enige legale partij
De LKP werd de enige legale partij in de Litouwse SSR. De partij werd ook onderdeel van de Al-Unie Communistische Partij (bolsjewieken) (sinds 1952 Communistische Partij van de Sovjet-Unie genaamd). Gedurende 34 jaar (1940-1974; in de periode 1941-1945 vanwege de Tweede Wereldoorlog in ballingschap in Moskou) werd de Litouwse SSR bestuurd door Antanas Sniečkus (1903-1974). Sniečkus was eerste secretaris van het Centraal Comité van de LKP en daarmee de machtigste man in de Litouwse SSR. Hij regeerde met harde hand en was een loyaal volgeling van Stalin. Na het overlijden van Stalin in 1953 ging hij echter een meer nationale koers varen en negeerde af en toe zelfs bevelen uit Moskou. Hij maakte zich echter nooit "schuldig" aan nationaalcommunisme.[4] Na de dood van Sniečkus in 1974 werd Petras Griškevičius eerste secretaris van het Centraal Comité van de LKP. Griškevičius was ook in de jaren 80 nog eerste secretaris maar hij voelde zich zichtbaar ongemakkelijk door de hervormingen onder Gorbatsjov (Glasnost en perestrojka). Griškevičius sprak over perestrojka en glasnost maar deed er in praktijk weinig mee.[5]Ringaudas Songailla, die slechts één jaar, van 1987 tot 1988 eerste secretaris van de LKP was, zette het proces van perestrojka en glasnost in Litouwen in werking. Na hem kwam de eveneens hervormingsgezinde Algirdas Brazauskas als eerste secretaris van het Centraal Comité van de LKP aan de macht. Brazauskas stelde zich kritisch op ten opzichte van Moskou en hij en zijn aanhangers steunden de eis voor onafhankelijkheid voor Litouwen sinds 1989.
Op 7 december 1989 werd de leidende rol van de LKP uit de grondwet van de Litouwse SSR geschrapt. Tijdens het Twintigste Partijcongres van de LKP op 19 en 20 december 1989 scheidde de LKP zich onder de naam Onafhankelijke Litouwse Communistische Partij onder leiding van Brazauskas zich van de Communistische Partij van de Sovjet-Unie (CPSU) af. Een conservatieve groepering onder leiding van Mykolas Burokevičius, Vladislovas Švedas en Juozas Jermalavičius ging verder onder de naam LKP en bleef deel uitmaken van de CPSU.
