Hieronder staat een lijst van vlaggen van Zuid-Soedanese deelgebieden. Zuid-Soedan heeft tien staten, twee bestuurlijke gebieden en één gebied met een speciale bestuurlijke status. De tien staten hebben staatsvlaggen aangenomen.

• 
  Central Equatoria
• 
  Eastern Equatoria
• 
  Jonglei
• 
  Lakes
• 
  Northern Bahr el Ghazal
• 
  Unity
• 
  Upper Nile
• 
  Warrap
• 
  Western Bahr el Ghazal
• 
  Western Equatoria

• 
  Abyei Special Administrative Area
• 
  Greater Pibor Administrative Area
• 
  Ruweng Administrative Area

• 
  Equatoria

• Staten van Zuid-Soedan
• Vlag van Zuid-Soedan
• Lijst van vlaggen van Zuid-Soedan