Na de dood van Fidel Velázquez in 1997, die meer dan een halve eeuw secretaris-generaal van de CTM was geweest, en diens opvolger Blas Chumacero drie weken later, werd Rodríguez Alcaine secretaris-generaal van de vakbond. Hij werd herkozen in 2004. Hij overleed een jaar later aan een hartaandoening.