Een verhandeling over cryptografie van zijn hand (anoniem gepubliceerd) geldt als het oudst bekende in de Engelse taal binnen dit vakgebied. In dit werk, getiteld Mercury, or The Secret and Swift Messenger (1641) introduceerde Wilkins de volgende termen in de Engelse taal:
Cryptographia (door hem gedefinieerd als geheimhouding in schrift),
Cryptologia (geheimhouding in gesproken taal) en
Cryptomeneses (de algemene aanduiding voor het hele vakgebied).
Tevens gaf Wilkins in dit werk een omschrijving van verschillende vormen van geometrische versleuteling, waarbij de letters van het klaarschriftvervangen worden door streepjes, stippen en driehoeken.
Overig werk
Wilkins was een aanhanger van kunsttalen, wat zich uitte in het werk An Essay towards a Real Character and a Philosophical Language (Londen, 1668), waarin hij pleitte voor een nieuwe universele taal voor filosofen. De taal die hij in dit werk beschrijft, is vooral bekend is geworden onder de naam Real Character. Opmerkelijk is ook de vroegste omschrijving van een onderzeeboot in Mathematical Magick (1648). Verder publiceerde Wilkins onder meer:
The codebreakers, the comprehensive history of secret communication from ancient times to the internet - David Kahn (herziene editie 1996) ISBN 0684831309
Spy book, the encyclopedia of espionage - Norman Polmar/Thomas B. AllenISBN 1853672785