Zijn bekendheid dankt hij vooral aan de door hem geschreven geschiedwerken over onder andere Denemarken, Rerum Danicarum Historia uit 1631, over Gelre, Historiae Gelricae uit 1639 (samen met Arend van Slichtenhorst (1616-1657)), en over Amsterdam, Rerum et urbis Amstelodamensium historia uit 1611. Dit laatste boek wordt wel als het eerste min of meer objectieve geschiedwerk over de stad gezien, aangezien de meeste toenmalige geschiedschrijvers de Amsterdammers, veelal in opdracht, afstamming van Batavieren toedichtten en Pontanus dat naliet.
