Joachim II werd geboren op het Griekse eiland Chios als Ioannis Kokkadis (Grieks: Ιωάννης Κοκκώδης). Gedurende zijn beide ambtstermijnen als patriarch streed hij tegen de afscheiding van de Bulgaars-Orthodoxe Kerk die zich in 1870 autocefaal had verklaard. Hij toonde verder ook bijzondere interesse voor de liefdadigheidsinstellingen en de scholen van de Orthodoxe Kerk.
