Macharia Wanjohi maakte zijn marathondebuut in Berlijn in 2004. Hierbij finishte hij op een negende plaats in 2:11.26. Het jaar erop werd hij tiende op de New York City Marathon met een tijd van 2:14.21. Zijn eerste succes behaalde hij later dat jaar door de marathon van Nagano op zijn naam te schrijven in een persoonlijk record van 2:10.09.
Op 15 april 2007 veroverde Macharia Wanjohi in de marathon van Rotterdam onder zware omstandigheden een vierde plaats met een tijd van 2:12.06. In 2008 verbeterde hij zijn PR op de marathon verder tot 2:07.16 door tweede te worden in de marathon van Dubai. In 2009 won hij de marathon van Nagano en werd zevende bij de Chicago Marathon. Het jaar er op won hij de Yellow River Estuary International in Dongying en hield hier $ 30.000 aan prijzengeld aan over.