Het kanaal heeft voor een belangrijk deel bijgedragen aan de rampzalige overstromingen als gevolg van orkaan Katrina in 2005. De stormvloed die het gevolg was van deze orkaan werd vanuit het Pontchartrainmeer en het Borgnemeer de stad in gestuwd waardoor de dijken het begaven.
Om herhaling hiervan te voorkomen worden twee stormvloedkeringen aangelegd, de Lake Borgne Surge Barrier nabij de aansluiting op de GIWW en het MRGO, en de Seabrook floodgate bij de verbinding met het Pontchartrainmeer.