Ingekleurde elektronenmicroscopische opname van een malariaparasiet in het darmkanaal van een mug
Men spreekt over een infectie als een micro-organisme, virus, prion of parasiet in een levend wezen is binnengedrongen en zich daar vermenigvuldigd heeft (dit hoeft niet schadelijk te zijn). Wanneer het organisme dusdanig veel schade aanricht dat het normaal functioneren van de gastheer is verstoord, spreekt men van een infectieziekte. In het ergste geval kan een infectie leiden tot de dood van het geïnfecteerde individu. Het micro-organisme wordt bij een ziekmakende infectie het pathogeen, de ziekteverwekker genoemd. Als de ziektekiemen zich nog niet hebben vermenigvuldigd, of als ze door het immuunsysteem worden herkend en verwijderd, spreekt men niet van een infectie maar van besmetting.
Een infectie heeft vaak een ontsteking tot gevolg. Als de ziekteverwekker zich verspreidt door het lichaam zal het afweersysteem antistoffen maken. Aan de hand van deze stoffen kan men meestal bepalen met welke pathogeen het lichaam geïnfecteerd is. Infecties kunnen worden onderscheiden in plaatselijke infecties, bijvoorbeeld lokale huidontstekingen uitgaande van haarzakjes, regionale infecties, waarbij de infectie zich over een deel van het lichaam heeft uitgebreid, en systemische infecties waarbij het hele organisme ziek wordt, bijvoorbeeld griep.
Elk eencellig of meercellig organisme wordt in meer of mindere mate door andere organismen bevolkt. Meestal zijn het symbiotische of commensale relaties die geen schade aanrichten zoals de darmflora of huidflora.
Een infectie ontstaat als een pathogeen invasief wordt, het bloed of weefsels binnendringt. Een toxi-infectie is een infectie waarbij de pathogenen giftige stoffen afscheiden, zelfs als de pathogenen zelf niet in het lichaam binnendringen. Voorbeeld: wanneer een gewone huidbacterie op een plek in het lichaam wordt gebracht die normaal steriel is, kan die daar ongebreideld groeien en een enorme last voor de gastheer veroorzaken. Voorbeeld: puistjes, de Staphylococcus aureus veroorzaakt een hevige haarfollikel-infectie.
Bij een virale infectie stelt men meestal een sluipend verloop vast, bij bacteriële infecties is het verloop eerder acuut. Het kan bij infectie met toxoplasmose wel degelijk gebeuren dat er sprake is van chronische processen.
Commensale bacteriën zijn micro-organismen die van nature in of op de gastheer aanwezig zijn, bijvoorbeeld de E.Coli-bacterie in het darmkanaal van mensen. Als de weerstand van de gastheer daalt, bijvoorbeeld door ziekte of ondervoeding, kan het micro-organisme een infectie veroorzaken. Dit is een commensale infectie.
