Vanaf het eind van de jaren zestig legde Witkam zich steeds meer toe op geschiedkundig onderzoek. Zijn belangstelling ging daarbij vooral uit naar de vroegste geschiedenis van de Leidse universiteit. Ook publiceerde hij over René Descartes, die in de jaren 1640-1641 had gewoond aan het Rapenburg, in het huis waar Witkam zelf woonde en zijn studenten lesgaf. Witkam liet dit historisch feit vermelden op een gedenkplaat die hij op de gevel van zijn huis (nummer 21) liet aanbrengen.
Jean Gillot: Een Leids ingenieur. Tweede deel. In: Leids Jaarboekje 1969: Jaarboekje voor geschiedenis en oudheidkunde van Leiden en omstreken 1969, p. 39-70. Digitale versie (Ver. Oud-Leiden))
Theo Joekes: Man en paard: Herinneringen, Meppel, 1996, p. 101.
H.J. de Jonge: Henricus Joannes Witkam 1914-1982. In: Leids Jaarboekje 1983: Jaarboekje voor geschiedenis en oudheidkunde van Leiden en omstreken 1983, p. 27-29.