Op 10 mei1940 hielp hij, samen met Henri François, Jhr. Schorer bij het vernietigen van diens archief en ledenadministratie. Al kort daarna begon hij een groepering op te zetten om de Duitse bezetter te bestrijden. Deze groep bestond waarschijnlijk uit een tachtigtal personen, waaronder generaal-majoor Hasselman, en verder studenten, officieren en ondernemers. Stijkels pseudoniem was Dr. Eerland de Vries. De naar J.A. Stijkel genoemde Stijkelgroep was erop gericht om informatie over de Duitse bezetting naar Engeland over te brengen. Daarbij werden de nodige 'beginnersfouten' gemaakt, waardoor de bezetter de verzetsgroep begon te volgen. Onder andere wist de beruchte landverrader Anton van der Waals te infiltreren. Op 2 april 1941 werd de groep gearresteerd, toen ze de haven van Scheveningen wilde uitvaren. Pas in september 1942 werd de groep berecht voor het Reichskriegsgericht in Berlijn, en nog eens acht maanden later, op 4 juni 1943 werden de vonnissen voltrokken. Han Stijkel werd als eerste omgebracht.
Op de begraafplaats Westduin is een monument opgericht om de leden van de Stijkelgroep te herdenken. Het heeft 43 zandstenen kruizen. De stoffelijke overschotten van 33 mensen die in Berlijn werder gefusilleerd, zijn daar begraven. Van 10 mensen is het stoffelijke overschot nooit gevonden.
Vernoemingen
Han Stijkel is op diverse plaatsen vernoemd. Onder andere in de Noordoostpolder: de Han Stijkelweg, de Han Stijkeltocht (een watergang) en de verzorgingsplaatsHan Stijkel langs de A6.