Leeswaarschuwing: Onderstaande tekst bevat details over de inhoud of de afloop van het verhaal.
De speler speelt als het personage Gordon Freeman die een groot ongeluk in de Black Mesa Science Research Company overleefde. Een groep wetenschappers maakt een portaal naar een andere dimensie, waardoor ze per ongeluk aliens vrijlaten die iedereen vermoorden.
