Zijn lagere schoolopleiding deed hij in Trento, waarna hij vervolgens bij het College van de Jezuïeten in Verona verder werd opgeleid. Malfatti volgde universitair onderwijs aan het College van San Francesco Saverio in Bologna. Een van zijn leermeesters was Vincenzo Riccati. Na zijn afstuderen in 1754 accepteerde hij een baan als bibilothecaris bij de Markies Cristino Bevilacqua. Hij verhuisde naar Ferrara, de stad waar hij de rest van zijn leven bleef wonen.
Een bepaalde geometrische constructie, de Cirkels van Malfatti, is naar hem genoemd.
Werken van Malfatti
"De aequationibus quadrato-cubicis dissertation analitica". Atti dell'Accademia delle Scienze di Siena, t. 4 (1771) pp. 129-185. "Analytische uiteenzetting over tweede- en derdegraadsvergelijkingen " - Deze uiteenzetting is ook opgenomen in "Gianfrancesco Malfatti, Opere, volume I, Roma, Edizioni Cremonese, 1981, pp. 33–91.