De Gauliga Nordmark 1938/39 was het zesde voetbalkampioenschap van de Gauliga Nordmark. Hamburger SV werd kampioen en plaatste zich voor de eindronde om de Duitse landstitel, waar de club groepswinnaar werd en zich plaatste voor de halve finale. HSV verloor van SK Admira Wien en ging naar de wedstrijd om de derde plaats, die van Dresdner SC verloren werd.
De laatste drie in de stand degradeerden, echter werd Borussia Harburg nog opgevist voor het volgende seizoen omdat dit om oorlogsredenen geherstructureerd werd.