De Gauliga Bayern 1941/42 was het negende voetbalkampioenschap van de Gauliga Bayern. 1. FC Schweinfurt werd kampioen en plaatste zich voor de eindronde om de Duitse landstitel. De eindronde werd niet langer in groepsfase gespeeld, maar terug in bekervorm. Schweinfurt had een bye in de eerste ronde en verloor dan van SG SS Straßburg.
SSV Schwaben Augsburg moest onder druk van de overheid fuseren met TV 1847 Augsburg en werd zo TSV Schwaben Augsburg.
Door de opsplitsing van de Gauliga promoveerden alle teams, de Würzburger Kickers echter pas na een protest waardoor de groep Noord het volgend seizoen uit elf clubs bestond.