De datum dat Fuzhou is gesticht is niet precies bekend, maar waarschijnlijk is de stad gesticht als het gevolg van de annexatie van Yue door Chu in 306 v.Chr.. Een deel van de aristocratie van Yue vluchtte en stichtte Minyue. De eerste stadsmuur van Fuzhou werd in 202 v.Chr. gebouwd, toen Han Gaozu, de stichter van de Han-dynastie, toestemming gaf aan de koning van Minyue om de hoofdstad hier te vestigen. De naam van de stad was toen Ye 冶, wat 'mooi' betekent. De stad ligt aan de monding van de Min Jiang aan de Zuid-Chinese Zee. De haven was tussen 1405 en 1433 het vertrekpunt van de vloot van admiraal Zheng He. Hij maakte diverse internationale expedities. In de 16e eeuw werd in de haven veel handel gedreven met Japan.
De handel met westerse landen verliep nog uitsluitend via de haven van Guangzhou. De buitenlandse handel met China werd na de Eerste Opiumoorlog in het Verdrag van Nanking en enkele aanvullende verdragen gemakkelijker gemaakt. Vijf havens, waaronder Fuzhou werden voor de ex- en import van goederen opengesteld.
De stad is nooit door oorlogen of natuurrampen compleet verwoest geweest. In de Chinees-Franse Oorlog (1884-1885) viel op 22 augustus 1884 de Franse marine de Chinese vloot nabij Fuzhou aan. Daarbij werden in zeer korte tijd negen schepen tot zinken gebracht, waarbij zo’n 3000 doden vielen gevolg. Aan Franse zijde was de schade minimaal. Verder werd een belangrijke scheepswerf van de Chinese marine bij de stad aangevallen. De werf was gebouwd, met hulp van twee Franse marine officieren, in opdracht van Li Hongzhang als onderdeel van de Zelfversterkingsbeweging. De werf was na de aanval bijna volledig vernietigd.
Sinds de liberalisering van China in 1979 is Fuzhou geopend voor buitenlandse investeerders. Door dit beleid is er veel geld in de stad gestroomd, waar de economie van Fuzhou van heeft geprofiteerd. Dezelfde trend is in Xiamen te zien, dat ook in Fujian ligt.
Fuzhou heeft volgens de klimaatclassificatie van Köppen een vochtig subtropisch klimaat: Cfa, met warme vochtige zomers en milde droge winters. De jaarlijkse gemiddelde temperatuur is 20,5°C en de koudste maand is januari met een gemiddelde van 8,7°C. Juli is de warmste maand met een gemiddelde van 34,5°C. Er valt bijna 1400 millimeter neerslag per jaar. De minste neerslag valt tussen oktober en januari.
De prefectuur telde 8.290.0000 inwoners in 2020, waarvan 4.660.000 inwoners in de stadsdelen.[1]
China maakt aanspraak op de Matsu-archipel, een eilandengroep die op dit ogenblik onder gezag staat van Taiwan. Peking beschouwt de archipel bestuurlijk als een onderdeel van de stadsprefectuur Fuzhou.