Bouyer lijdt aan narcolepsie, een ziekte waarbij de patiënt regelmatig slaapaanvallen krijgt. Vanaf 2004 raakte hij in een juridische strijd verwikkeld en was geschorst, omdat het medicijn daartegen op de verboden lijst van de UCI stond.
Vanaf januari 2007 was hij werkloos en klaagde de UCI en de WADA aan. Hij won deze zaak in oktober 2007, maar kwam desondanks niet meer aan een contract. Na drie seizoenen noodgedwongen aan de kant te hebben gezeten rijdt hij vanaf oktober 2008 weer voor Bbox Bouygues Télécom dankzij de vrijgave van een nieuw geneesmiddel.
