De FOD Financiën zag het levenslicht als het ministerie van Financiën bij de oprichting van België in 1830 als een van de vijf oorspronkelijke ministeries. Dit ministerie was bevoegd voor de belastingen, de staatskas en de begroting.
Van oudsher kende de belastingdienst een indeling volgens de aard van de belastingen:
de Directe belastingen met 200 ontvangkantoren en 500 controlekantoren
de btw, registratie en domeinen, met 40 btw-ontvangkantoren en 250 btw-controlekantoren, 250 registratiekantoren en 50 hypotheekbewaringen
het Kadaster met 180 controlekantoren
de Douane en accijnzen met 60 ontvangkantoren en 80 controlekantoren
Bij een aantal hervormingen in de jaren ’90 van de 20ste eeuw werd het traditionele organigram van de belastingdienst omgegooid. De volgende belastingdiensten kwamen hieruit voort:
de administratie van Fiscale Zaken
de administratie van de Ondernemings- en de Inkomensfiscaliteit
de administratie van het Kadaster, Registratie en Domeinen
De Administratie van Fiscale Zaken (AFZ) is de coördinerende dienst. Dat behelst onder meer: de internationale betrekkingen, de voorbereiding van de wetgeving en de coördinatie van de wettelijke en reglementaire bepalingen, alsmede een antifraudecomité (AFC).
De Administratie van de Ondernemings- en de Inkomensfiscaliteit (AOIF) is de jarenlang bepleite samenvoeging van de controlediensten van de directe belastingen en de btw.
De Administratie van het Kadaster, Registratie en Domeinen (AKRED) is ook het gevolg van een samenvoeging.
Ook de Algemene Administratie Douane en Accijnzen blijft wat ze was, maar haar werkterrein was in 1992 al verplaatst van de grenzen naar het binnenland. Dit behelst nu allerlei controles voor rekening van de btw, de belastingen, van EU-landbouwrestituties, van verdovende middelen, verboden wapens, namaakartikelen en andere verboden producten, ook van het rijbewijs of de inschrijving, de verzekering en de keuring van voertuigen.
De Administratie van de Invordering is misschien nog wel het meest ambitieuze project, voortspruitend uit de bedoeling om één enkele “kassa” of één enkele “rekening” te hebben voor alle belastingen. De cijfers van de aanmaningen, vervolgingen en bewarende maatregelen zijn indrukwekkend, maar dat zijn de cijfers van de onbetaalde of achterstallige belastingen ook: meer dan 10 miljard euro aan directe belastingen en nog eens meer dan 10 miljard euro aan btw.
De Bijzondere Belastinginspectie (BBI) is de kleinste en misschien de meest bekende van de Belgische belastingdiensten.
Deze indeling was geen lang leven beschoren want door de Coperfin-hervorming wordt één algemene administratie Belastingen en invordering opgericht. Deze zorgt voor de controle, inning en handhaving van de federale belastingen en ook van veel belastingen van andere overheden en zal zes afdelingen tellen:
Voorlopig bestaan de zes voornoemde administraties nog steeds. Daarnaast kwam er een aparte administratie Patrimoniumdocumentatie, die de diensten van Kadaster, Registratie en Domeinen omvat.