De club werd in 1964 opgericht en werd in 1985 kampioen van de SSR Litouwen, deze competitie was op dat moment een onderdeel van het competitiesysteem in de Sovjet-Unie. Datzelfde jaar won de club ook de regionalebeker.
Na de onafhankelijkheid van Litouwen behaalde de club in 1993 voor het eerst het landskampioenschap van het onafhankelijke Litouwen. Er werden er nadien nog vier aan toegevoegd. Op twee slechtere noteringen na eindigde de club altijd in de top vijf. De eerste bekerwinst volgde in 1997, ook hier werden er nadien nog vier aan toegevoegd.
Na het seizoen 2014, waarin de club als zesde eindigde, werd Ekranas door de bond vanwege financiële problemen in de 1 Lyga geplaatst. Daarin ging de club echter niet van start en ging begin 2015 failliet. Er werd een doorstart gemaakt en sinds 2015 speelt Ekranas weer op lager niveau.
