De FIMMotoGP Rookies Cup 2012 was het zesde seizoen van dit kampioenschap. Het seizoen telde 15 wedstrijden. De eerste wedstrijd werd op 28 april op het Circuito Permanente de Jerez verreden. De laatste wedstrijd van het seizoen werd op 30 september op Motorland Aragón verreden.
De Duitse rijder Florian Alt behaalde dit seizoen de titel.
Kalender
In vergelijking met het seizoen 2011 is de kalender van 2012 op een aantal plaatsen gewijzigd. De race op het Circuit Mugello is van de kalender verdwenen. In plaats daarvan werden twee races op het Motorland Aragón toegevoegd.