Voor FC Groningen begon het seizoen op 3 juli 2006, toen de eerste training plaatsvond. Daarmee begon ook de voorbereiding op het eerste seizoen in 14 jaar waarin FC GroningenUEFA Cup-wedstrijden zal spelen. In de eerste ronde werd de ploeg echter al uitgeschakeld door Partizan Belgrado.
Na 34 ronden eindigde FC Groningen op de achtste plaats op de ranglijst. Dit gaf recht op een plaats in de play-offs voor een ticket voor de UEFA Cup. In de eerste ronde van deze play-offs moest FC Groningen aantreden tegen Feyenoord. Over twee wedstrijden werd van Feyenoord gewonnen. In de finale van de play-offs voor een UEFA Cup-ticket won Groningen wederom, ditmaal van FC Utrecht. Dit resulteerde in het behalen van Europees voetbal in het seizoen 2007-2008.
Doelman Bas Roorda raakte in het voorjaar van 2007 zijn basisplaats kwijt aan Brian van Loo. Trainer Ron Jans besloot dat hij de vaste doelman van de Groningers in de competitiewedstrijd tegen FC Twente zou passeren. De 31-jarige Roorda verdedigde tot dat moment in alle wedstrijden het doel bij Groningen.
Bijgaand een overzicht van de spelers die FC Groningen vertegenwoordigden in de Eredivisie in het seizoen 2006/07 en onder leiding van trainer-coach Ron Jans als achtste eindigden.