Het seizoen 1998/1999 van FC Groningen was het 28ste jaar in het Nederlandsebetaald voetbal voor de club uit Groningen. De club kwam uit in de Eerste divisie, nadat men het voorgaande seizoen via de nacompetitie uit de Eredivisie was gedegradeerd. Het was het eerste seizoen onder de nieuwe hoofdtrainer Jan van Dijk, die daarvoor al een aantal jaar assistent trainer was bij de club en tevens de oud-speler is met de meeste wedstrijden ooit voor FC Groningen.
In de eindrangschikking eindigde men uiteindelijk op de 2e plaats achter kampioen FC Den Bosch, waardoor men zich plaatste voor de nacompetitie en zo alsnog de mogelijkheid had terug te promoveren naar de Eredivisie. In de nacompetitie werd de club ingedeeld in een groep met Sparta Rotterdam, Excelsior en Helmond Sport. De allerlaatste wedstrijd thuis tegen Sparta zou uit gaan wijzen wie er zou promoveren, deze wedstrijd werd uiteindelijk 3-0 verloren, waardoor FC Groningen minstens nog een seizoen in de Eerste Divisie zou blijven spelen.
In het het KNVB bekertoernooi haalde men de achtste finale, hierin bleek FC Eindhoven met een 2-1 overwinning te sterk voor de ploeg uit Groningen.
