Van Heeckeren was een lid van de adellijke familie Van Heeckeren en een zoon van Jacob Adolph van Heeckeren (1724-1792), onder andere burgemeester van Doetinchem, en Alexandrine Charlotte van Westerholt (1723-1778). Hij trouwde in 1782 met Henriette Jeanne Suzanna Marie des H.R. Rijksgravin van Nassau-LaLecq (1764-1810), een kleindochter van Maurits Lodewijk van Nassau-LaLecq (1670-1740) met wie hij negen kinderen kreeg, onder wie:[1]
Jacob Adolph van Heeckeren van Enghuizen (1784-1837), onterfd