Aperts onderzoek was voor het grootste deel gericht op genetische aandoeningen en aangeboren afwijkingen. In 1906 publiceerde hij een artikel getiteld De l'acrocéphalosyndactylie,[1] waarin hij enkele individuen beschreef met aangeboren afwijkingen van de schedel samen met aan elkaar gegroeide vingers en tenen. Deze aandoening werd later aangeduid met de term "syndroom van Apert" met de trias craniosynostose, syndactylie en onderontwikkeling van de bovenkaak
Daarnaast heeft Apert vele werken gepubliceerd op het gebied van de kindergeneeskunde, inclusief een invloedrijk handboek over opvoeding. Hij was een van de medeoprichters van de Franse Sociëteit van eugenetica.
