Hofstadters bekendste publicatie is Gödel, Escher, Bach: an Eternal Golden Braid (1979), dat in zeer vele talen vertaald werd en waarvan wereldwijd honderdduizenden exemplaren verkocht werden. Een boek van ruim 800 pagina's, waarvan hij zelf ooit heeft gezegd dat 1/10 van de mensen die het boek gekocht hebben eraan zijn begonnen; 1/10 van hen die eraan zijn begonnen hebben het uitgelezen; en 1/10 van hen die het hebben uitgelezen, hebben het begrepen. In het boek wordt op een ludieke maar daarom niet zomaar begrijpelijke manier uitgelegd wat de implicaties zijn van de onvolledigheidsstellingen van Gödel voor de wiskunde, het dagelijks leven en de kunstmatige intelligentie. Daarbij laat hij zich inspireren door de merkwaardige aspecten (regelmaat, formalismen die bij herhaling meer opleveren dan wat er schijnbaar staat) in de tekeningen van Escher - onder wordt boven, binnen wordt buiten - en in de muziek van Bach - die soms van wiskundige, soms van taalkundige schema's uitgaat bij het componeren. Voor veel lezers zal deze duiding van de inhoud overigens als een verrassing komen, het is een zeer rijk boek waarin vele ideeën aan de orde komen.
Voor dit boek kreeg Hofstadter in 1980 de Pulitzer-prijs.
Over die thema's schreef hij jarenlang een column "Metamagical themas" voor het maandblad Scientific American. De bundeling daarvan verscheen in 1985 onder dezelfde titel.
Tussen de publicatie van "Ambigrammi" (1987) en "Fluid Concepts and Creative Analogies" (1995) overleed zijn vrouw aan wat hij zelf een ziekte met een 'disgusting name' noemt: glioblastoma multiforme, een vorm van hersentumor.
In 1997 verscheen van zijn hand "Le Ton beau de Marot", met als ondertitel "In Praise of the Music of Language", geschreven onder de werktitel "Rhapsody on a Theme by Clément Marot". Een onvertaalbaar werk, daar het opgebouwd is rond tientallen vertalingen van één enkel (Frans) gedicht van Clément Marot (1496-1544), hoofdzakelijk naar het Engels.
In 2013 verscheen een werk waarin hij dieper ingaat op de kern van het menselijk denken: "Analogie de kern van ons denken" (Atlas Contact).
Gödel, Escher, Bach: an Eternal Golden Braid (ned. vert.: Gödel, Escher, Bach: een eeuwige gouden band (ISBN 90-254-6653-2))
The Mind's I geschreven samen met Daniel C. Dennett, (ned. vert.: De spiegel van de ziel, subtitel Fantasieën en reflecties over ik en geest. (ISBN 90-254-5704-5)
Surfaces and Essences: Analogy as the Fuel and Fire of Thinking, co-authored with Emmanuel Sander (ISBN 0465018475) (first published in French as L’Analogie. Cœur de la pensée; published in English in the US in April 2013)
Metamagical Thema's, Questing for the Essence of Mind and Pattern (ned. vert.: Metamagische Thema's, op zoek naar de essentie van geest en patroon (ISBN 90-254-6570-6)
