Dominik Kotarski speelde in de jeugd van NK Tondach Bedekovčina en GNK Dinamo Zagreb, waar hij in 2017 één wedstrijd op de bank zat bij het tweede elftal, maar niet in actie kwam. In de zomerstop van 2017 werd hij voor twee miljoen euro aan AFC Ajax verkocht, maar hier sloot hij pas in 2018 aan. Hij debuteerde voor Jong Ajax op 30 maart 2018, in de met 0-3 verloren thuiswedstrijd tegen Jong PSV.