De missie van de CDF is het leveren van kennis en ondersteuning bij de bescherming en instandhouding van het milieu en de biodiversiteit van de Galápagoseilanden door het doen van wetenschappelijk onderzoek en daarmee samenhangende acties. Dit onderzoek wordt uitgevoerd op het Charles Darwin Research Station in Puerto Ayora, op Santa Cruz, een van de Galapagoseilanden. Sinds 1964 is dit onderzoekstation onderdeel van het CDF.