Emerton begon zijn carrière als profvoetballer in Sydney bij UTS Olympic. Hij speelde daar 94 wedstrijden, waarin hij 16 keer scoorde. Emerton vertrok in 2000 naar Rotterdam, waar hij drie seizoenen als rechter verdediger en verdedigende middenvelder voor Feyenoord uitkwam. Hij speelde van 2000 tot 2003 92 wedstrijden en scoorde daarin 11 keer. In 2002 won hij met Feyenoord de UEFA-cup. In 2003 vertrok Emerton naar Blackburn Rovers in Engeland. In de 247 wedstrijden die hij daar speelde scoorde hij 13 keer. In augustus 2011 vertrok hij naar Sydney FC, waar hij een contract tot 2014 tekende. In januari 2014 beëindigde hij zijn loopbaan.
Emerton nam in 2000 met Australië deel aan de Olympische Spelen van Sydney. Hij was aanvoerder van de Olyroos. Emerton was een vaste waarde in de Australische selectie en hij nam deel aan het WK 2006 en het WK 2010. Hij behoorde tot de selectie voor de Azië Cup 2007, het eerste Aziatische toernooi waaraan Australië deelnam na de overstap van de OFC naar de AFC in januari 2007.
