De Boston Marathon 1946 werd gelopen op zaterdag 20 april 1946. Het was de 50e editie van de Boston Marathon. Aan deze wedstrijd mochten geen vrouwen deelnemen. De Griek Stylianos Kyriakides kwam als eerste over de streep in 2:29.27.

In totaal finishten er 33 marathonlopers.

rang	naam	land	tijd
1	Stylianos Kyriakides	GRE	2:29.27
2	John A Kelley	USA	2:31.27
3	Gérard Côté	CAN	2:36.34
4	Louis Gregory	USA	2:37.23
5	Albert Morton	CAN	2:38.54
6	Jack Kersnason	USA	2:41.20
7	Lloyd Evans	CAN	2:43.02
8	Charles Robbins Jr	USA	2:43.59
9	Ted Vogel	USA	2:44.24
10	Louis Young	USA	2:44.48