Het bisdom werd opgericht door paus Paulus IV op 12 mei1559 door de bul Super universas, die hiermee de bisdommen in de Nederlanden opnieuw indeelde. Voordien maakte het huidige bisdom Gent deel uit van drie bisdommen. Het gebied ten oosten van de Schelde behoorde tot het oude bisdom Kamerijk. Het gebied ten westen van de Schelde was een deel van het bisdom Doornik. En de parochies Assenede en Boekhoute hoorden bij het bisdom Utrecht, dat bij dezelfde bul tot aartsbisdom verheven werd.
Het bisdom Gent was bij zijn oprichting kleiner dan tegenwoordig. De oostgrens met het aartsbisdom Mechelen-Brussel was de Schelde, hoewel enkele plaatsen op de rechteroever – waaronder Dendermonde, Wetteren en Lebbeke – toch bij Gent werden gevoegd.
Eeklo behoorde samen met enkele andere parochies uit die buurt tot het bisdom Brugge, terwijl Tielt en omgeving tot het Gentse bisdom behoorden.
Op 24 mei1834 richtte paus Gregorius XVI het bisdom Brugge weer op, dat gelijk viel met het huidige West-Vlaanderen, en zo kwam het bisdom Gent weer ongeveer gelijk te liggen met Oost-Vlaanderen. De gemeenten Burcht en Zwijndrecht gingen in 1923 over naar de provincie Antwerpen, maar de parochies Sint-Martinus (in Burcht) en Heilig-Kruis (in Zwijndrecht) bleven wel bij het decanaat Beveren en dus bij het bisdom Gent.
Bestuur
Het dagelijks bestuur van het bisdom ligt bij de bisschop van Gent. De huidige bisschop is Lode Van Hecke. Hij is de 31e bisschop van Gent. Hij wordt bijgestaan door verschillende raden, die meestal uit kanunniken, vicarissen en hoge geestelijken bestaan.
De bisschopsraad, waarvan hij voorzitter is. Door de benoeming van Van Hecke tot bisschop van Gent is de huidige bisschopsraad per definitie ontslagnemend. Volgende kanunniken waren tot de datum van zijn benoeming lid van deze raad: Joris De Jonghe (vicaris-generaal), Albert Van De Kerckhove, Joris Polfliet, Luk De Geest en Stefaan Van der Kelen, alsook de bisschoppelijk gedelegeerden: de heer Peter Malfliet - tevens woordvoerder van de bisschop - en zuster Joëlle Vanhoeck.
Het consultorencollege, waarvan de kanunnik Ludo Collin lid is, nevens een paar andere geestelijken.
De Priesterraad, de financiële adviesraad, de Diocesane commissie van Permanent Diaconaat, een pastorale raad en het Sint-Baafskapittel. Al deze organen staan de Bisschop bij in zijn taak.
De Sint-Baafskathedraal, waar de kathedra van de bisschop staat, wordt geleid door de kathedrale kerkfabriek, onder leiding van de kanunniken Collin en François.